海南崖州湾生态环境与渔业资源野外科学观测研究站（以下简称崖州湾野外观测站）依托浙江大学海南研究院，与国家海洋局海口海洋环境监测中心站三亚监测站合作管理运行。实行浙江大学海南研究院领导、国家海洋局海口海洋环境监测中心站三亚监测站合作监督、学术委员会指导下的站长负责制和岗位责任制。

崖州湾野外观测站目前在站人员共28人，其中站长1人，由李培良担任，全面主持野外站各项工作的开展；副站长由刘必劲和孙瑞立担任，负责协助站长管理本站的各项事务。野外站下设科学研究室、野外维护保障室、仪器数据支撑室、综合管理室四个部门，分别负责野外站海洋生态动力过程科学研究、观测系统布放维护、观测仪器校准和数据处理质量控制，以及野外站日常运行管理事务、野外站网站及科普宣传工作等，分别由孙瑞立、张小波、李彦君、王炜荔负责管理。

学术委员会以黄晖研究员等 7 位不同领域和研究方向的科学家组成，将定期召开学术委员会议，对野外科学观测研究站的管理运行、学术成果、人才培养、服务共享等进行交流监督。